對于手動清洗分液漏斗振蕩器，只能使用具有柔軟非磨蝕性刷毛，或者干凈的海綿，以及其他擦拭材料。不要將擦拭材料與清潔劑一起使用。每次使用前檢查分液漏斗，如果有劃痕，缺口，破裂或損壞則丟棄，當使用分液漏斗振蕩器時，按照說明使用和維護。
分液漏斗振蕩器的維護需要避免不當操作，請勿在分液漏斗內放置金屬或其他硬物，否則會劃傷玻璃并導致破損和傷害。不要使用強堿性產品和氫氟S作為清潔劑，也會損壞分液漏斗并導致破損，從而導致問題，也不能使用磨砂清潔劑，包括柔軟的清潔劑，這些會刮傷玻璃容器并導致的破損和傷害。
在使用分液漏斗振蕩器時，不能佩戴各種首飾，也勿將手放在分液漏斗內，尤其是戒指會造成分液漏斗內部劃傷并導致破損和傷害，不要將分液漏斗加熱到太高的溫度，導致在玻璃中引入應力，出現破裂。另外，在分液漏斗振蕩器加熱時，請使用低熱量或中熱量設置，高熱板設置會導致分液漏斗過度局部加熱，導致破損，除非分液漏斗振蕩器使用建議說明，否則不要進行加熱，即使具有更高的機械強度，否則更容易因熱沖擊而破裂。
分液漏斗振蕩器的維護可以通過混合粉末或清洗劑進行，不同大小的刷子將有助于清洗彎曲的分液漏斗。如果分液漏斗沒有馬上清洗干凈，也可以用肥皂水長期浸泡，使用溫暖的水有助于溶解和除去油脂。肥皂水可以用自來水沖洗，再使用離子水，Z后用丙酮。
酸和氧化劑可以除去分液漏斗內的鹽、金屬和有機試劑，酸應在通風良好的油煙罩內使用，分液漏斗清洗是一個多步驟的過程，Z常見的做法，用有機溶劑沖洗，然后用溫水和肥皂水，還需要用自來水沖洗，去離子水，Z后用丙酮，放置在一個架子上晾干。